Dnešní klášter sv. Tomáše má svého předchůdce ve stejnojmenném kostelíku, připomínaném již v polovině 13. století. Další církevní stavbou zde byla kaple sv. Doroty, patronátní právo v obou případech náleželo benediktinům z Břevnova. Na pozvání krále Václava II. přichází v r. 1285 nový řád Ordo eremitarum sancti Augustini – Řád poustevníků sv. Augustina. Král se rozhodl založit v podhradí svého královského sídla klášter „pro spásu duše svého otce“ a r. 1286 se břevnovský opat Kristián vzdal pozemku a patronátního práva ve prospěch nového řádu.